詳見東京地下鐵，都營地下鐵等條目。
東京的地下鐵系統由兩個不同的事業體經營，其中由中央政府及都政府合資成立的「帝都高速度交通營團」所經營的路線原本稱為「營團線」，不過隨著營團於2004年4月1日公司化，改名為東京地下鐵股份公司（），所經營的路線也改稱為「東京Metro線」（；雖然營團線仍然是習慣上常用的舊名）；而由東京都交通局經營的路線則稱為「都營線」（）。
各路線都有專屬的英文字母代號，主要是與數字組合，作為各路線車站的快速辨識代號（例如在東京車站西北方地下的大型轉乘站—大手町站，是主要幹線丸之內線與東西線的交會點，它分別是丸之內本線編號第18站，與東西線編號第9站，因此有「M18」與「T09」兩個代號）。至於專屬路線顏色，則是與車站內的導引標誌指示用色及地下鐵車廂上的彩色裝飾線條配合，方便搭乘民眾辨識。
地下鐵路線所屬的事業體、路線名稱、代號與顏色分列如下：
- 東京Metro線
- 銀座線 G
- 丸之內線 M （支線代號為m）
- 日比谷線 H
- 東西線 T
- 千代田線 C
- 有樂町線 Y
- 半藏門線 Z
- 南北線 N
- 13號線 ? （興建中，已通車部分暫時稱為有樂町新線）
- 都營線
- 浅草線 A
- 三田線 I
- 新宿線 S
- 大江戶線 E
